Il change également les permissions, dans le répertoire de base de l'utilisateur distant (home directory), de ~/.ssh, et ~/.ssh/authorized_keys en enlevant le droit d'écriture du groupe (qui empêche de se connecter, si le serveur sshd distant utilise l'option StrictModes dans sa configuration).
Si on fournit l'option -i , alors on utilise le fichier d'identité (par défaut ~/.ssh/identity.pub) , même s'il y a des clefs chargées dans ssh-agent. Sinon, si la commande :
ssh-add -L
donne quelque chose, alors il utilise de préférence le résultat de la commande.
Si on utilise l'option -i , ou si ssh-add -L ne donne rien, alors il utilise le contenu du fichier d'identité. Dès qu'il a une ou plusieurs empreintes, il utilise ssh pour les ajouter à ~/.ssh/authorized_keys sur la machine distante (en créant le fichier, et le répertoire, le cas échéant).