L'option -grey rend le fond gris clair, comme le fait 8-1/2. Utilisez cette option pour une authenticité maximum. -font fname règle la police dans le menu de 9wm à fname, remplaçant la police par défaut. -term termprog spécifie un programme alternatif à lancer quand l'option New du menu est selectionnée. -version affiche la version courante sur la sortie d'erreur standard, puis sort.
Pour sortir de 9wm , vous devez lancer 9wm exit en ligne de commande. Il n'y a pas d'option « exit » dans le menu.
9wm est du style cliquer-pour-taper (clavier) : il a une notion de fenêtre courante, qui est habituellement devant, et a toujours ses bords assombris. Les caractères tapés au clavier vont à la fenêtre courante et les clics de souris en dehors de la fenêtre courante sont engloutis par 9wm. Pour faire d'une autre fenêtre la fenêtre courante, cliquez dessus avec le bouton 1. Contrairement aux autres gestionnaire de fenêtre X, 9wm prend en charge le « focus souris » : les événements souris sont envoyés seulement à la fenêtre courante.
Un menu des opérations possibles sur les fenêtres est disponible en actionnant le bouton 3, en dehors de la fenêtre courante. La première de celles-ci, New , tente de démarrer un processus 9term (ou xterm si 9term n'est pas disponible). Le nouveau 9term demandera que son contour soit placé en utilisant le bouton 3 de la souris, en changeant le curseur. (xterm est par défaut à taille fixe, et veut ainsi être glissé ; la pression du bouton 3 le place.)
Les prochaines quatre options du menu sont Reshape, Move, Delete, et Hide. Toutes les opérations changent le curseur en cible, incitant l'utilisateur a cliquer le bouton 3 sur l'une des fenêtres à sélectionner pour l'opération. À ce moment, le clic du bouton 1 ou 2 annulera l'opération. Autrement, si l'opération était Resize, l'utilisateur serait incité a placer le nouveau bord avec le bouton 3. Si c'était Move, l'utilisateur devrait garder le bouton enfoncé après la clic initial qui a sélectionné la fenêtre, et glisser la fenêtre à la bonne place avant de relâcher le bouton. Dans un cas comme dans l'autre, les boutons 1 ou 2 annuleront l'opération.
Si l'opération Delete est sélectionnée, la fenêtre sera effacée quand le bouton sera relâché. Typiquement, cela tue (kill) le client à qui appartenait la fenêtre. L'opération Hide rend juste la fenêtre invisible. Pendant qu'elle est cachée, le nom de la fenêtre apparait sur la bas du menu du bouton 3. La sélection de cette option remet le fenêtre visible. Cette operation remet l'option d'icônification fournie par les autres gestionnaire de fenêtre.
Il y a en ce moment une limite compilée de 32 fenêtres cachées.